Ο Απόλλων Λάρισας ιδρύθηκε το 1930. Το πρώτο όνομα του συλλόγου ήταν Δήμητρα Λάρισας. Το 1952 η ομάδα άλλαξε όνομα και … φύλο και απέκτησε τη σημερινή της ονομασία.
Το 1964 συμμετείχε στις συνομιλίες για τη συνένωση των ομάδων της πόλης, η οποία οδήγησε στη δημιουργία της μεγάλης Αθλητικής Ένωσης Λάρισας (Α.Ε.Λ.), αλλά τελικά αποφασίστηκε να ακολουθήσει αυτόνομη πορεία.
Η απόφαση αυτή δε δικαίωσε τους ανθρώπους του Απόλλωνα, καθώς η πορεία της ομάδας δεν ξέφυγε από το τοπικό ποδόσφαιρο της Θεσσαλίας, ενώ έχασε την ευκαιρία να είναι συμμέτοχη στις τεράστιες επιτυχίες της ΑΕΛ.
Η προϊστορία με τον ΟΦΗ είναι ανύπαρκτη, με εξαίρεση τον αγώνα του πρώτου γύρου, όταν ο ΟΦΗ … έσπασε τα δοκάρια και ο Απόλλων πήρε μια τυχερή νίκη με 1-0, η οποία εκείνη τη χρονική στιγμή φαινόταν καταστροφική για τον ΟΦΗ, αλλά τελικά αποδείχθηκε απλώς μια εξαίρεση και μια άτυχη στιγμή.
Την περίοδο 1964-65 συμμετείχαν και οι δύο ομάδες στη Β'Εθνική, αλλά σε διαφορετικό όμιλο και δε βρέθηκαν αντιμέτωπες.
Ο μοναδικός, αλλά σημαντικότατος δεσμός του ΟΦΗ με τον Απόλλωνα συναντάται στο όνομα του Παύλου Αδάμου. Ο τεχνικός διευθυντής του ΟΦΗ, αποκτήθηκε τον Ιανουάριο του 1996 από τον Απόλλωνα και ουσιαστικά πολιτογραφήθηκε Κρητικός, αποτελώντας μέρος της οικογένειας του ΟΦΗ, όχι μόνο ως παίκτης, αλλά και σε διάφορα άλλα πόστα.
Από τον Απόλλωνα ξεκίνησε την καριέρα του και ο Τάσος Βενέτης, ο οποίος αγωνίστηκε ελάχιστα στον ΟΦΗ, την περίοδο 2008-09. Αντίπαλος του ΟΦΗ θα βρεθεί ο Πλάτων Καρακατσάνης, ο οποίος ήταν μέλος της ομάδας τη διετία 2009-2011.
